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SCoPE2,Single-Cell ProtEomics by Mass Spectrometry

宣布日期:2021-07-26

SCoPE2,进阶(jie)的单细(xi)胞卵白(bai)质(zhi)组方式揭穿吞噬细(xi)胞卵白(bai)质(zhi)组异(yi)质(zhi)性


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        得益于单细胞转录组学,此刻具备差别表型的异质群体细胞范例的构造体已能够清楚辨认。固然,单一细胞分解常常呈现自卵白介导的心理反映,对差别翻译润色的懂得仍然无限。今朝支流基于单细胞转录组测序手艺对很多样本存在低采样率,致使数字化
mRNA计数器精确度(du)差,由此可知(zhi),卵白质品(pin)貌(mao)预算也(ye)不靠得住。


        巨噬细胞(bao)(bao)是自(zi)然(ran)免疫细胞(bao)(bao)并具备差别功效(xiao)和份子表型(xing),对一系列(lie)疾(ji)病都(dou)很主要(yao),包含肿瘤。因为下面提到(dao)的(de)测序手艺规模性,在单细胞(bao)(bao)卵白质组(zu)学范(fan)畴(chou)却发明存(cun)在大批未被发明的(de)机理。


        这里(li),Specht et al 利用多元LC-ESI-MS/MS(包含接纳欧若拉纳升色谱柱)停止单细胞卵白质组学钻研,进一步优化了他们初期的SCoPE-MS方式构成SCoPE2。这(zhei)大(da)(da)大(da)(da)地晋升了定量(liang)精确(que)性(xing)和阐发通量(liang),经由过程(cheng)主动(dong)化(hua)微型样本(ben)前处置装(zhuang)配(pei)削减手动(dong)操纵时候,极大(da)(da)地下降了本(ben)钱。


        阐发均(jun)一单核细胞(bao)(bao)分解(jie)成为类吞噬细胞(bao)(bao)中(zhong)异质性的呈现,启用(yong)该方式使得在(zai)10天的机时内完成判定了1490个差别(bie)范例的单细胞(bao)。


        另外,数(shu)据标(biao)明(ming)乃至当分(fen)解源自裸露于统一(yi)情况的均一(yi)单核(he)细胞(bao),逾越一(yi)个持续勾当周期卵白质(zhi)组(zu)阶段时吞噬细胞(bao)卵白质(zhi)组(zu)也发明(ming)了异质(zhi)性(xing),这与此前发明(ming)存在细胞(bao)因子时呈现(xian)的一(yi)种偏振轴(zhou)有关。


        这些数据能够完成临床利用,比方必然疾病规模(mo)的(de)(de)生物靶标(biao)发明和停止基于卵白(bai)质收集功效的(de)(de)间接因果机(ji)制揣度。更多(duo)的(de)(de)细胞和卵白(bai)质变(bian)体(ti)的(de)(de)定量(liang)阐(chan)发,在(zai)此标(biao)的(de)(de)目的(de)(de)钻研时(shi)假设假想将会更少。


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SCoPE2,Single-Cell ProtEomics by Mass Spectrometry Single-cell proteomic and transcriptomic analysis of macrophage heterogeneity using SCoPE2.
Genome Biol. 22, 27 Jan 2021.
doi:
Harrison Specht, Edward Emmott, Aleksandra A. Petelski, R. Gray Huffman, David H. Perlman, Marco Serra, Peter Kharchenko, Antonius Koller & Nikolai Slavov.


贾罗德·桑道博士评注